1、主要职责
组织开展海洋环境监视、监测与评价，承担海区海洋环境监测资料的管理，发布区域海洋通报、公报等环境信息；监督管理海洋油气勘探开发、海洋倾废和局核准的海洋工程建设项目的环境保护工作；组织开展海洋领域节能减排工作；管理领海外等海域的海洋保护区，承担海洋生态损害国家索赔工作；组织实施海洋环境突发事件的应急工作；监督实施海洋技术标准、计量、规范和办法；承办分局领导交办的其他事项。
2、内设机构
根据上述职责，海洋环境保护处内设3个科级机构。
（1）倾废监管科
①负责南海区海洋倾废管理，拟定并组织实施南海区海洋倾倒区规划；
②受理和签发分局审批权限内废弃物海洋倾倒许可证，并计征倾倒费；
③受理和组织开展分局权限内临时性海洋倾倒区的选划和报批；
④组织开展南海区海洋倾倒区的监督管理及生态损害索赔工作；
⑤承办南海三省（区）海洋厅（局）海洋倾废申请的审查；
⑥承办处领导交办的其他事项。
（2）工程监管科
①负责南海区海洋工程环境保护监督管理，实施海洋工程日常监管，依法征收海洋油气勘探开发工程排污费；
②负责核准南海区海洋石油勘探开发工程配备的化学消油剂；
③根据国家海洋局委托组织实施南海区海洋工程建设项目环保设施“三同时”检查和竣工验收，并提出审批意见；
④负责审批海洋工程建设项目溢油应急计划，组织开展海洋工程环境影响后评价工作及生态损害索赔工作；
⑤组织开展南海区海洋节能减排工作；
⑥承办处领导交办的其他事项。
（3）环境监测科
①拟定南海区海洋环境监视监测与评价工作方案，组织开展南海区海洋环境监视、监测和评价工作；
②定期编制并发布南海区海洋环境质量公报、年报和通报；
③组织、协调和管理南海区海洋环境监测网络；
④组织开展南海区重大海洋环境问题和污染损害事件的监测评价及生态损害索赔工作；
⑤组织开展南海区海洋赤潮的监视监测及应急预案的实施；
⑥拟定并组织实施南海区海洋标准、计量和质量监督管理；
⑦承办处领导交办的其他事项。
3、人员编制
海洋环境保护处人员编制8人，其中：处长1名，副处长2名，科级领导职数3名。