1、主要职责
拟定并组织实施海监船舶、飞机管理制度和使用计划；承担船舶航海、导航、通信业务管理；承担船舶飞机调度指挥、飞行协调和日常指挥值班；负责指导、监督船舶安全管理及事故调查、应急处置工作；监督管理船舶证书和船员各类证书；承办分局领导交办的其他事项。
2、内设机构
根据上述职责，指挥处内设4个科级机构。
（1）综合科
①协助南海总队领导处理日常行政事务，协调总队机关部门之间工作关系，对有关业务工作提出拟处理意见并督办；
②负责组织《中国海监礼仪规定》的贯彻执行，规范管理海监人员着装，监督管理海监人员的队容风纪；
③负责办理南海总队机关行政、文秘、总队会议和对外接待工作；
④管理南海总队机关公共办公场所、办公秩序、办公设备和南海总队印章；
⑤负责南海总队经费和指挥处经费与资产使用管理；
⑥承办处领导交办的其他事项。
（2）指挥科
①拟定分局船舶、飞机使用管理规章制度并监督执行；
②负责承办船舶、飞机调度指挥日常工作；
③编制船舶、飞机月度和年度使用计划,拟定船舶、飞机任务书；
④负责船舶、飞机任务及行动的业务协调；
⑤负责船舶航海保障业务管理和航海数据统计及管理；
⑥监督管理船舶证书和船员各类证书；
⑦参加本处承担的船舶、飞机调度指挥和应急等值班；
⑧承办处领导交办的其他事项。
（3）安监科
①组织船舶、飞机专项等重大任务的备航检查；组织船舶、飞机安全检查；
②承办船舶领导小组日常工作; 监督管理船舶航海、导航、通信业务；
③组织船舶、飞机等级事故调查相关工作，拟定事故报告；
④监督指导支队开展船舶、飞机安全月活动、年度安全管理及安全业务和技能培训；
⑤组织召开南海总队安全工作会和安全协调会，组织本处人员进行相关安全业务知识和技能培训；
⑥负责组织《中国海监体能训练规定》的贯彻执行。组织海监总队冬训和技能竞赛活动；
⑦参加本处承担的船舶、飞机调度指挥和应急等值班；
⑧承办处领导交办的其他事项。
（4）应急科
①管理分局应急指挥平台，负责海上突发事件应急管理的调度和指挥工作，处置南海溢油应急响应有关事项；
②管理船舶、飞机调度指挥值班、应急值班及行政值班工作；
③组织拟定分局应急管理工作培训、宣传、演练计划并组织实施；
④负责南海指挥中心的系统管理和装备维护，负责船舶、飞机动态监控业务及其通信管理和网络维护；
⑤承担南海指挥中心系统和装备的安全管理；
⑥参加本处承担的船舶、飞机调度指挥和应急等值班；
⑦承办处领导交办的其他事项。
3、人员编制
指挥处人员编制13人，其中：处长1名，副处长1名，科级领导职数4名。