1、主要职责
组织实施海区海洋行政执法规划、计划；依法对海域使用、海岛生态环境保护与开发利用、海洋工程建设项目环境保护、海洋倾废、海洋保护区等进行监督检查，查处违法违规行为；承担海区海洋行政执法信息库的建设；承办分局领导交办的其他事项。
2、内设机构
根据上述职责，行政执法处内设2个科级机构。
（1）行政执法科
①负责拟定南海区海域使用、海洋工程、海洋倾废、海洋自然保护区、海洋生物多样性保护、海岛开发利用、海岛生态保护等海洋行政执法工作规划、计划并具体组织实施；
②组织实施南海区海域使用、海洋工程、海洋倾废、海洋自然保护区、海洋生物多样性保护、海岛开发利用、海岛生态保护等海洋行政执法工作，依法查处各类违法违规行为；
③负责南海区海洋行政执法技术规范、标准的具体组织实施，草拟南海区海洋行政执法通报、公报；
④组织协调南海区海洋行政执法工作，对南海区中国海监队伍的海洋行政执法工作实施业务指导；
⑤负责南海区海洋行政执法统计工作；
⑥承办处领导交办的其他事项。
（2）督察科
①负责南海区海监执法督察制度的建设和组织实施；
②监督国家有关海域使用、海洋环境保护和海岛保护等法律法规在南海区的贯彻执行；
③监督南海区中国海监队伍依法执法；
④受理举报信息；
⑤承担南海区海洋行政执法信息库建设；
⑥承办处领导交办的其他事项。
3、人员编制
行政执法处人员编制6人，其中：处长1名，副处长1名，科级领导职数2名。